马其顿在1991年11月20日独立，1991－1993年使用红底，上面有一颗十六芒星的国旗。现在用的是一个金色的太阳，在红底上发出八道金光的国旗。原因是希腊也有一个马其顿，州旗跟旧国旗图案相同。

现在的国旗呈现了旭日初升，光芒照耀四方的形象，是马其顿共和国国歌《今天在马其顿之上》 (Денес Над Македонија)中的“自由的新太阳”：

Денес над Македонија се раѓа,

ново сонце на слободата!

Македонците се борат,

за своите правдини!

今日在马其顿，诞生了

自由的新太阳！

马其顿人要为自己的权利斗争！

1991年至1995年以渥吉纳太阳为图案，但引起了希腊的抗议。由于真正的马其顿人并非斯拉夫人且已消失，作为真正的马其顿人的亚历山大大帝只是希腊的历史，而希腊因此坚称马其顿为其一部分并坚决否认马国主权，加上希腊封锁马其顿国界并以联合国、欧盟等国际组织会籍向马其顿要胁，马国当局被迫让步并更改国旗。

国旗的形状决定了国旗必须有固定的比例。比例以长比宽，数字一般前小后大。常见的比例有2：3，3：5，1：2等；常用的国旗尺寸分6种规格（单MM):1号，2880×1920；2号，2400×1600；3号，1920×1280；4号，1440×960；5号，960×640；6号，660×440；我厂采用先进的旗帜印刷工艺，各类旗帜产品都具有防水防晒的特点

上海迎丰旗帜厂

马其顿共和国国旗